En dieciseisavos se enfrentó al Olympique de Marsella, ganando en tierras francesas 0-1 con gol de Aduriz. En el partido de vuelta ambos equipos empataron 1-1, marcando Michy Batshuayi para el conjunto francés y empatando Sabin Merino para los locales a pocos minutos del final.

En octavos de final protagonizó el primer duelo nacional de la temporada en Europa frente al Valencia CF. En la ida en San Mamés el Athletic se mostró muy superior al Valencia, pero el mal estado del terreno de juego por las lluvias hizo imposible jugar al fútbol, por lo que el partido se resolvió por un escueto 1-0 de Raúl García que no hacía justicia. En Mestalla el Valencia remontó pasando por encima del Athletic  con dos goles de Santi Mina y Aderllan Santos. Pero en la segunda parte el Athletic fue en busca del gol que lo metiera en cuartos y lo encontró gracias a Aduriz.